香港機場管理局與其業務夥伴承諾，致力將位於赤鱲角的香港國際機場發展為全球其中一個最環保的機場。為了實踐這承諾，早於三跑道系統項目的方案設計階段已開始對二號客運大樓擴建工程的環保機場設計程序進行基準研究，當中包括審閱香港國際機場和其他海外機場的現有環保設計，並評估各項可持續設計措施。在項目詳細設計階段，團隊進一步研究這些措施，最終確定了在項目施工及運營階段將推行的一系列環保措施。

機管局的目標是於綠建環評的評估中致力取得最高評級，並已在二號客運大樓擴建項目的設計上採納相關環保措施。誠然，由於二號客運大樓是機場運作的一部分，因應大樓的獨特功能並考慮到保安和營運需要，現時綠建環評評估規定下的若干特定範疇，未能以一般及直接的方式應用於本項目上。例如，為了維持香港國際機場運作安全，機場必須實行雀鳥管制措施，這對設計及提供項目的外在種植範圍構成重大限制。因此，機管局決定採用由建築環保評估協會於2016年首次為針對特殊建築類型而推出的綠建環評Bespoke評估路線。二號客運大樓擴建項目，成為香港首個已註冊並完成暫定評級的綠建環評Bespoke項目。